Από το 2016 στο πρόγραμμα ανασκαφών της Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας εντάχθηκε η ανασκαφή στην ακρόπολη του αρχαίου Μολύκρειου. Οι εργασίες των δέκα ανασκαφικών περιόδων έχουν φέρει στο φως σημαντικά οικοδομικά λείψανα και κινητά ευρήματα, τα οποία παρουσιάζουν μεγάλο ενδιαφέρον τόσο για την ιστορία του ιερού, όσο και τον πολιτισμό της αρχαίας Αιτωλίας και βοηθούν στην ταύτιση του χώρου με το αρχαίο Μολύκρειο, που είναι γνωστό από τις αναφορές των αρχαίων συγγραφέων για το ιερό του Ποσειδώνα. Τα κινητά ευρήματα μαρτυρούν, επίσης, την ύπαρξη δεύτερης λατρείας στο χώρο, τη λατρεία της θεάς Αθηνάς.

Το 2016 η ανασκαφική έρευνα, που πραγματοποιήθηκε κυρίως με την οικονομική ενίσχυση του Κοινωφελούς Ιδρύματος Ιωάννη Σ. Λάτση, επικεντρώθηκε στη διπλή στοά ανατολικά του μεγάλου ναού. Ερευνήθηκε κατά το μεγαλύτερο μέρος της και έδωσε ενδιαφέροντα στοιχεία.

Όλα δείχνουν ότι η στοά συνδέεται άμεσα με το στάδιο, όπου πραγματοποιούνταν αγώνες προς τιμήν του Ποσειδώνα. Η ύπαρξη σταδίου στο ιερό σημαίνει ότι η σφαίρα επιρροής του ήταν μεγαλύτερη από ό,τι θεωρούσαμε μέχρι τώρα. Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι είναι το μοναδικό στάδιο που βρέθηκε στην Αιτωλία και την Ακαρνανία, παρόλο που έχουν πραγματοποιηθεί ανασκαφές σε πολλές πόλεις και ιερά.

• 21 άτομα απασχολήθηκαν από τη χρηματοδότηση του Ιδρύματος στην ανασκαφή.
• Σε 20 αρχαιολογικούς χώρους υλοποιεί ανασκαφές σε ετήσια βάση η Εν Αθήναις Αρχαιολογική Εταιρεία.